Yamamoto chào đời ngày 4-4-1884, giữa một mùa hoa anh đào trong một căn nhà nhỏ bé nghèo nàn tại vùng Nagaoka, một nơi nổi tiếng nhiều tuyết về mùa đông. Thân phụ ông, Sadakichi Takano, là một cựu võ sĩ đạo. Trong một cuộc chiến giữa hai phe võ sĩ đạo, phe ông bại trận, và do đó ông lâm vào cảnh nghèo túng. Sau khi dẫn vợ và bốn con trai đi lưu lạc một thời gian, Sadakichi Takano trở về làng cũ để trở thành một giáo viên trường làng. Nhưng đúng lúc đó bà vợ chết, và Sadakichi tục huyền với em gái của vợ là Mineko. Mineko sinh được ba người con nữa, hai trai một gái, và Yamamoto là con út của ông bà Takano.

Ngày 4-4-1884, Sadakichi đang ngồi chơi cờ với một người bạn già thì một đứa con của ông chạy lại báo tin, vợ ông đang đau đẻ và cần một cô đỡ. Sadakichi sai đứa con đi tìm cô đỡ và vẫn tiếp tục chơi cờ như không có gì quan trọng cả. Không phải Sadakichi là một con người chai đá, nhưng lúc đó ông đã già rồi và đứa con sắp sinh là đứa con thứ bẩy của ông, nên ông cũng không hào hứng lắm. Khi bà vợ đòi ông đặt tên cho con thì ông nói: "Năm nay ta đã 56 tuổi rồi. Thôi hãy gọi nó là Năm-Mươi-Sáu." Trong tiếng Nhật, Isoroku có nghĩa là 56, và cái tên đầu tiên của danh tướng Yamamoto là Isoroku Takano. Mãi về sau này ông mới đổi tên là Isoroku Yamamoto.

Tuy Sadakichi đón nhận đứa con trai thứ bảy một cách thờ ơ, nhưng dần dần Isoroku trở thành nguồn vui lớn của ông. Hàng ngày ông già kể cho đứa con nhỏ nghe về những chuyện võ sĩ đạo trong gia tộc ông, những trận đánh đẫm máu giữa các lãnh chúa, và dậy Isoroku viết chữ Hán. Sadakichi rất ghét người tây phương nhưng khi bà Newall, một nhà truyền giáo Mỹ, tới dạy học trong vùng thì ông lại cho các con ông học với bà Newall. Chính bà Newall đã giới thiệu đạo Thiên Chúa cho Isoroku và sau này ông có thói quen đọc Thánh Kinh.

Gia cảnh một giáo viên rất là nghèo túng. Cái gia đình đông đúc chín người đó sống chen chúc trong một căn nhà gỗ nhỏ bé. Về mùa đông lạnh cắt da thịt, Isoroku chỉ được mặc một chiếc áo kimono bằng vải sợi do mẹ may. Nhà nghèo không có tiền mua sách nên Isoroku phải đi mượn sách về và chép lại để học. Khi lên trung học, Isoroku rất yêu chuộng thể thao, nhất là môn dã cầu, bơi lội và chạy. Trong một lần đi câu một mình, thuyền của Isoroku bị lật vì biển động. Cậu bé phải bơi vào một hang động ngoài khơi, và nằm chờ hai ngày sau biển lặng rồi mới bơi trở vào bờ.

Là một thiếu niên cường tráng, yêu thể thao, thấm nhuần tinh thần võ sĩ đạo và yêu thích biển cả, nên năm 15 tuổi Isoroku quyết định ghi tên vào trường sĩ quan hải quân Etajima. Isoroku đã chọn ngành hải quân đúng lúc Minh Trị Thiên Hoàng đang quyết tâm phát triển hải quân Nhật, theo khuôn mẫu của hải quân tây phương.

Thiếu úy Isoroku rất sung sướng được bổ nhiệm vào chiếc hộ tống hạm Nisshin có nhiệm vụ bảo vệ soái hạm Mikasa của đô đốc Togo. Ðây là cơ hội hãn hữu cho tân sĩ quan Isoroku được quan sát chiến pháp của một trong những đô đốc vĩ đại nhất. Nga Sô phải điều động một hạm đội gồm 27 chiến hạm từ Âu Châu sang giải vây cuộc phong tỏa của Togo. Hạm đội Nga phải mất bảy tháng để di chuyển từ biển Ban-Tích tới Thái Bình Dương. Ngày 14-4, hạm đội Nga bỏ neo nghỉ tại vịnh Cam Ranh của Việt Nam, cho đến ngày 18-4 thì tiếp tục cuộc hành trình tiến về Hải Sâm Uy.

Ðô đốc Togo đã sẵn sàng. Lực lượng của Togo gồm có bốn chiến hạm, tám tuần dương hạm lớn và một số tuần dương hạm nhỏ, và nhiều tàu phóng thủy lôi. Lực lượng Nga có tám chiến hạm, nhưng chỉ có ba tuần dương hạm lớn. Hải quân Nga có nhiều súng lớn gấp hai lần hải quân Nhật, nhưng súng của Nhật tối tân hơn và bắn nhanh hơn. Ngày 26-5, đô đốc Togo chuyển hạm đội tới căn cứ tại núi Mã Sơn, ngay tại eo biển Ðối Mã tại Cao Ly để chờ hạm đội địch. Ðêm đó là phiên trực của thiếu úy Isoroku. Ðó là một đêm sương mù. Ðúng 4 giờ sáng, Isoroku hết phiên trực và xuống hầm tàu để ngủ. Bỗng khoảng 4:45 thì có tín hiệu từ soái hạm: "Hạm đội địch xuất hiện tại tọa độ 203, tiến từ phía tây qua Ðối Mã."

Trên soái hạm Mikasa, đô đốc Togo được đánh thức dậy, và trên chiếc hộ tống hạm Nisshin, Isoroku cũng được thủy thủ lay dậy. Isoroku mặc vội binh phục và chạy lên boong tàu. Hạm đội Nga vẫn đang tiến vào điểm hẹn với tốc độ 12 hải lý một giờ. Ðô đốc Togo dự định đụng địch tại ngoài khơi đảo Oki vào lúc hai giờ chiều. Khoảng 1 giờ chiều, tất cả hạm đội Nhật đều im lặng chờ đợi. Isoroku có nhiệm vụ quan sát và ghi chép, rồi truyền tin tức cho hạm trưởng. Ðến 1:45 chiều, Isoroku trông thấy hạm đội Nga - 18 chiến hạm từ hướng đông nam tiến tới. Ðô đốc Togo dàn thế trận, các chiến hạm Nhật đứng vào đội hình với soái hạm Mikasa dẫn đầu. Rồi bất thần đúng 2 giờ chiều, Togo ra lệnh cho hạm đội Nhật phải chuyển hướng 180 độ, nghĩa là quay ngược lại theo hình chữ U. Súng của hạm đội Nga khai hỏa trước, pháo kích vào các chiến hạm Nhật, gây tổn hại cho một số chiến hạm, nhưng các xạ thủ Nga không xuất sắc lắm, vì không bắn trúng được một mục tiêu nào quan trọng.

Một nửa giờ sau khi các chiến hạm Nhật chuyển hướng, chạy song song với các chiến hạm Nga, các ổ súng trên các chiến hạm Nhật bắt đầu tấn công vào mạn sườn hạm đội địch, và chiếm được ưu thế. Bây giờ cuộc tàn sát của đô đốc Togo bắt đầu. Hầu hết chiến hạm Nga bị bắn chìm, và hàng ngàn binh sĩ Nga tử thương. Tuy phải mất ba ngày nữa hạm đội Nga mới đầu hàng, nhưng chỉ sau vài giờ giao chiến thì hạm đội Nhật đã chiếm được thế thượng phong, và các chiến hạm Nga đã phải tìm đường bỏ chạy rồi.

Isoroku sống cuộc đời của một sĩ quan hải quân trong thời bình, theo tầu tới các hải cảng của Cao Ly, Trung Hoa và Úc. Năm 1913, thân phụ Isoroku từ trần và sau đó ít lâu bà mẹ cũng chết theo chồng. Một năm sau, theo tục lệ Nhật, Isoroku được nhận làm con nuôi của một gia đình danh giá giầu có thuộc dòng họ Yamamoto. Lúc đó Isoroku đã là một thiếu tá ba mươi tuổi. Ông chính thức từ bỏ họ Takano và lấy họ Yamamoto, Yamamoto Isoroku. Yamamoto có nghĩa là Chân Núi, và người Trung Hoa gọi Yamamoto là Sơn-Bản Ngũ-Thập-Lục. Yamamoto lập gia đình rất trễ, có thể vì ông mải mê với binh nghiệp nên không còn thời giờ cho tình ái; một lý do nữa là ông phải gửi hết tiền lương về nuôi cha mẹ; và lý do cuối cùng có thể là bàn tay trái cụt mấy ngón của ông, gây cho ông cái mặc cảm xấu xí, không muốn để đàn bà con gái trông thấy.

Mãi tới năm 33 tuổi ông mới bắt đầu để tâm tìm vợ. Có rất nhiều con gái các đô đốc muốn kết hôn với ông, một người có nhiều triển vọng trong hải quân, nhưng Yamamoto từ chối hết, và chỉ muốn tìm một cô gái cùng quê với ông. Một hôm ông được giới thiệu với con gái một nông dân nuôi bò sữa, tên là Reiko. Reiko cao tới 1.6 thước và bị ế chồng vì cao quá. Ðàn ông Nhật vốn thấp nên không thích lấy vợ cao quá, nhưng thiếu tá Yamamoto không quan tâm đến chiều cao của Reiko, vì hầu như ông không hề có một mặc cảm kém cỏi nào. Một lý do nữa khiến Yamamoto thích Reiko là vì nàng rất mạnh khoẻ to con, và chăm chỉ làm việc. Ông biết cuộc đời một quân nhân rất nguy hiểm, có thể chết bất cứ lúc nào, nên ông cần một người vợ mạnh mẽ để có thể tiếp tục nuôi dưỡng con cái cho ông, nếu chẳng may ông tử trận.

Yamamoto viết cho Reiko một lá thư dài tỏ tình và xin gặp mặt. Vì biết Reiko không đẹp nên buổi hai người gặp nhau lần đầu, bà mẹ nàng chọn một căn phòng tối lờ mờ để Yamamoto không nhìn rõ Reiko. Khi Reiko bước vào phòng, và quỳ gối cúi chào Yamamoto thì hai người chịu nhau liền. Ðám cưới được cử hành ngay sau đó trong một ngôi chùa Phật giáo. Reiko theo chồng lên Ðông Kinh. Một hôm bà mẹ vợ lên thăm con gái, bà vô cùng kinh ngạc trước cảnh sống của con. Ðồ đạc trong nhà rất sơ sài, chỉ gồm có các thùng rượu làm bàn ghế. Khi Reiko rót trà vào một cái chén ăn cơm rẻ tiền mời bà thì bà cảm thấy bị xúc phạm. Reiko giải thích trong nhà không có chén uống trà. Nàng không muốn chồng bận tâm tới những việc nhỏ mọn trong nhà, trong lúc phải quan tâm đến quốc sự. Bà mẹ bắt hai người phải mua và dọn vào một căn nhà đầy đủ tiện nghi ngay.

Nhưng khi hai vợ chồng Yamamoto dọn vào nhà mới thì ông được lệnh đi học hai năm tại đại học Harvard của Hoa Kỳ, và để vợ ở nhà một mình. Môn học chính của Yamamoto là dầu hỏa. Ông học hành rất nghiêm chỉnh, khi nào có giờ rảnh rỗi, ông đi du lịch khắp nước Mỹ để quan sát. Nhưng cũng chính tại Hoa Kỳ, Yamamoto đã học hỏi nhiều về hàng không. Ông biết rằng chính hải quân đã giúp Togo chiến thắng hải quân Nga Sô tại eo biển Ðối Mã, nhưng trong tương lai, hải quân cần phải có không quân hỗ trợ. Ông bắt đầu chú ý tới việc đóng hàng không mẫu hạm.

Hình như trong đời các bậc anh hùng bao giờ cũng thấp thoáng hình bóng một người đàn bà đẹp. Yamamoto cũng không thoát khỏi thông lệ đó, và đã bị tiếng sét ái tình vì một nàng kỹ nữ (geisha) tuyệt đẹp. Sau khi dự hội nghị Luân Ðôn về, Yamamoto được mời tham dự nhiều bữa tiệc mừng. Một trong những bữa tiệc ấy bao gồm các kỹ nữ tại một khu ăn chơi sang trọng. Trong buổi tiệc ấy có cả Kikuji, một kỹ nữ trẻ đẹp nổi tiếng nhất Ðông Kinh.

Kikuji đang hầu tiệc và trông thấy Yamamoto lúng túng không mở được nắp một chén cháo, vì bàn tay bị cụt mất mấy ngón. Nàng vội chạy lại, cúi chào và đưa tay mở nắp chén cháo dùm Yamamoto. Yamamoto vốn rất nhạy cảm vì mấy ngón tay cụt và cảm thấy hơi bất lực phải nhờ một người con gái giúp đỡ nên ông nổi giận, và sẵng giọng lên tiếng bảo Kikuji tránh ra để mặc ông. Chưa có ai dám lớn tiếng với Kikuji như thế, vì nàng là một kỹ nữ nổi tiếng nhất Ðông Kinh, ai cũng phải chiều chuộng để lấy cảm tình của nàng. Dĩ nhiên Kikuji cảm thấy bị xúc phạm, nàng đứng lên, bỏ bữa tiệc ra về ngay.

Vài ngày sau, trong một bữa tiệc khác của hải quân, Yamamoto có dịp gặp lại Kikuji. Kikuji được mời tới đàn hát giúp vui cho bữa tiệc. Lần này một sĩ quan hải quân trịnh trọng giới thiệu Kikuji với Yamamoto: "Ðây là người sẽ trở thành một đô đốc vĩ đại nhất của Nhật Bản. Xin cô hãy chiều tiếp ông ta."

Kikuji lạnh lùng nhìn Yamamoto và trả lời: "Vậy hả? Nhưng đối với tôi thì ông ta không khác gì một tên nhà quê."

Yamamoto không những không phật lòng vì lời nói khiếm nhã của Kikuji, mà trái lại ông còn thích thú nữa, vì ông vẫn tự nhận là "một tên nhà quê" hoặc "một thủy thủ tầm thường". Yamamoto ha hả cười vui thích khiến Kikuji cũng phải khúc khích cười theo. Ðấy là khởi đầu của một thiên tình sử lâu dài giữa chàng Từ Hải đa tình Yamamoto và nàng Kiều Kikuji. Hai hôm sau Yamamoto một mình tới thăm kỹ viện Tsukiji, nơi Kikuji làm việc, và mời Kikuji ăn tối với ông. Kể từ đấy Yamamoto được mọi người công nhận là người tình của Kikuji.

Trong thời kỳ đó, được làm người tình của một geisha hạng nhất như Kikuji phải tốn kém lắm. Có hai cách làm chủ một geisha. Thứ nhất người đó phải bỏ thật nhiều tiền mua nàng geisha về làm vợ bé. Cách thứ hai đỡ tốn kém hơn, là cứ để nàng geisha trong kỹ viện, nhưng được ưu tiên hơn những khách phong lưu tìm hoa khác. Yamamoto không đủ tiền bạc để thực hiện một trong hai cách trên đây. Lương đô đốc của ông chỉ đủ gửi về cho vợ nuôi bốn con. Thực ra ông có thể dùng quỹ hải quân vào việc bao Kikuji, nhưng ông lại là người quá thanh liêm, danh dự và tự trọng, không muốn dùng công quỹ cho việc du hí riêng.

Sau khi Yamamoto thành công làm bế tắc hội nghị Luân Ðôn trở về, Nhật Bản lập tức tiến hành công cuộc đóng thêm tầu chiến một cách đại quy mô. Ðô đốc Yonai, bộ trưởng hải quân Nhật, thông báo cho Quốc hội Nhật biết hải quân hoàng gia Nhật không đủ sức đương đầu với lực lượng hạm đội hỗn hợp của Anh và Mỹ, và Nhật Bản cũng không bao giờ có ý định xây dựng một lực lượng hải quân ở mức độ ấy. Tuy nhiên trong lúc Yonai tuyên bố công khai như thế thì hải quân Nhật âm thầm nỗ lực đóng chiến hạm mới và trang bị thêm cho hàng chục chiến hạm đang có sẵn. Chính trong giai đoạn này, những chiếc tầu lớn nhất thế giới được đóng ra tại Nhật bản, như hai chiếc Yamato và Musashi. Chiếc Yamato dài tới 863 bộ, trọng tải tới 73,700 tấn, nghĩa là lớn gấp bội các chiến hạm vào thời đó, sườn tầu dầy tới 16 inches và có 9 đại bác 18 inches. Chiếc Yamato hoàn thành tháng 12-1941; chiếc Musashi cũng được hạ thủy tám tháng sau đó. Chiếc Shinano khởi công đầu năm 1940, và sau đổi thành một hàng không mẫu hạm, và là mẫu hạm lớn nhất thế giới.

Việc đóng tầu tuy có nhộn nhịp, nhưng người Nhật che dấu các hoạt động này rất kỹ. Các cơ xưởng đều có những hàng rào kín thật cao để che cản mọi con mắt tò mò, và việc bảo vệ an ninh quanh những xưởng đóng tầu thực là cực kỳ nghiêm mật. Ðô đốc Yonai vẫn tuyên bố rằng Nhật bản không thể đuổi kịp hải quân Anh Mỹ, và không có ý định đóng thêm chiến hạm. Trong khi Yonai tuyên bố như vậy thì công việc đóng chiến hạm vẫn tiếp tục mạnh mẽ hơn bao giờ hết.

Hầu hết các đô đốc Nhật rất hào hứng với việc đóng các đại chiến hạm cho hải quân Nhật, trừ đô đốc Yamamoto. Yamamoto đã mạnh mẽ phát biểu quan điểm của mình, nhấn mạnh rằng các đại chiến hạm đã lỗi thời rồi. Bây giờ phải là thời của hàng không mẫu hạm, một sự phối hợp chiến đấu giữa hải quân và không quân. Các đô đốc già không đồng ý với quan điểm của Yamamoto, nhưng các sĩ quan trẻ đang vươn lên trên nấc thang quyền bính đứng về phe Yamamoto.

Yamamoto gay gắt chỉ trích việc đóng đại chiến hạm. Ông nói: "Những đại chiến hạm chẳng khác gì những bức trướng tôn giáo mà người ta treo trong nhà. Chúng chỉ tạo ra một niềm tin tưởng chứ không có ích dụng thực tế. Giới quân nhân thường mang theo những hào quang của chiến trận quá khứ bên mình. Họ mang những thanh kiếm cổ lỗi thời và họ không thấy rằng những thanh kiếm ấy nay chỉ là những vật trang trí mà thôi. Sự ích lợi của những đại chiến hạm cho Nhật bản trong chiến tranh tân thời cũng tương tự như là thanh kiếm võ sĩ đạo vậy."

Dần dần quan điểm của Yamamoto có vẻ chiếm ưu thế và hai mẫu hạm mới được ra đời, đó là các mẫu hạm Shokaku và Zuikaku, mỗi chiếc nặng 30 ngàn tấn, và có tốc độ 34 hải lý một giờ, nhanh hơn các mẫu hạm lớn của Nhật đang có là hai chiếc Akagi và Kaga. Vẫn có một số người chỉ trích quan điểm của Yamamoto và cho rằng chủ trương của Yamamoto rất nguy hiểm cho Nhật Bản. Giới chiến lược gia cổ điển quan niệm rằng chỉ có chiến hạm mới đánh hạ được chiến hạm. Nhưng Yamamoto cho rằng dùng các các phi cơ phóng thủy lôi hữu hiệu hơn nhiều. Yamamoto dùng hình ảnh một con rắn hung hãn cũng có thể bị một bầy kiến đông đảo cắn hạ trong tục ngữ Nhật Bản, để cổ xúy cho việc phát triển mẫu hạm với mục đích đưa lực lượng xung kích Nhật tới gần mục tiêu. Sau này trong các trận đánh tại Trân Châu Cảng và Tân Gia Ba, người ta mới công nhận Yamamoto là người sáng suốt, đi trước những người cùng thời.

Yamamoto chủ trương chế tạo các phi cơ có tầm bay xa, vì nếu Nhật bản muốn kiểm soát Thái Bình Dương thì rất cần loại phi cơ này. Cuối thập niên 1930, ông đã có những phi cơ có tầm bay xa tới 800 dặm và chở được thủy lôi hoặc bom nặng hai ngàn cân. Năm 1938 trong cuộc Trung Nhật chiến tranh, thế giới lần đầu sửng sốt chứng kiến những phi cơ Nhật cất cánh từ đảo Kyushu tới oanh tạc tại Thượng hải, rồi trở lại căn cứ mà không cần phải tiếp tế nhiên liệu. Ðứa con tinh thần thứ hai của Yamamoto là loại chiến đấu cơ Zero. Ðây là loại chiến đấu cơ hữu hiệu nhất trong đệ nhị thế chiến, và các phi cơ này đã làm chủ không phận Thái Bình Dương trong suốt hai năm.

Khi Nhật Bản nỗ lực phát triển tiềm lực chiến tranh thì Nhật Bản đã xác định trước địch thủ của mình là ai rồi. Thoạt đầu đối thủ của Nhật tại Á châu là Nga Sô, nhưng sau khi đánh bại Nga Sô rồi thì kẻ thù chính yếu của Nhật phải là Hoa Kỳ. Sự so tài giữa hai đại cường đang phát triển tại hai bên bờ Thái Bình Dương là điều không thể tránh khỏi. Ngay sau đệ nhất thế chiến, chính sách quốc phòng Hoàng gia Nhật đã xác định Hoa Kỳ có tiềm năng là kẻ thù số một, và Nga Sô trở thành kẻ thù số hai. Tuy vậy sự bành trướng của nước Nga Sô cộng sản sau đệ nhất thế chiến đã là một trở ngại cho việc xâm chiếm Trung hoa của Nhật Bản. Thực ra thì lục quân Nhật vẫn cho rằng nếu Nhật Bản bành trướng tại Á Châu thì thế nào cũng phải xung đột với Nga Sô, trong khi hải quân nghĩ rằng trận chiến nếu xảy ra tại Thái Bình Dương thì sẽ là trận hải chiến và rất e ngại hai hạm đội Anh và Mỹ. Chính vì quan niệm khác nhau như thế nên lục quân chỉ lo đề phòng Nga Sô, và gửi những sĩ quan lục quân xuất sắc nhất sang làm tùy viên quân sự tại Mạc Tư Khoa để làm tai mắt theo dõi tình hình. Trái lại hải quân Nhật hướng cặp mắt lo âu sang bên kia bờ biển Thái Bình Dương, và gửi những sĩ quan ưu tú sang làm tùy viên quân sự tại Hoa Thịnh Ðốn. Yamamoto từng là một trong những tùy viên của hải quân tại thủ đô Hoa Kỳ.